Der Gründungsrat stellte ein dem Hochschulrat und Hochschulsenat vergleichbares Organ dar und ersetzte diese Gremien in der Gründungsphase. Der Gründungsrat der BHH bestand aus neun stimmberechtigten Mitgliedern und einem Vertreter der Schulbehörde ohne Stimmrecht. Fünf Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer bildeten eine professorale Mehrheit. Hinzu kamen Vertreterinnen und Vertreter der Partner der beruflichen Bildung.

Gemäß § 2 Abs. 3 HmbHG wird zwischen der BHH und der BSB eine Ziel- und Leistungsvereinbarung geschlossen. In ihr wird der verbindliche Rahmen vereinbart, innerhalb dessen die Freie und Hansestadt Hamburg, vertreten durch die BSB, ihre Träger- und Zuwendungsgeberverantwortung wahrnimmt und das Aufgabenspektrum der BHH unter Beachtung der für Hochschulen vorgesehenen Eigenständigkeit gemäß Artikel 5 Absatz 3 GG dokumentiert.